Consiliul Național este al doilea cel mai important for de conducere în cadrul organizației. Rolul său este să pună în aplicare deciziile Congresului Național prin adoptarea de hotărâri. Consiliul Național decide convocarea ședințelor extraordinare ale Congresului Național, aprobă sau modifică bugetul de venituri și cheltuieli al organizației, aprobă execuția bugetară, alege membri interimari din Biroul Executiv ori alte Comisii și structuri ale confederației. Numărul de delegati ai fiecărei organizaţii membre BNS este stabilit pe baza normei de reprezentare de 1 delegat la 500 membri de sindicat.